Ginter memulakan kerjayanya di SV March sebelum beliau berpindah ke skuad remaja SC Freiburg untuk musim 2004-05. Bersama skuad-A, beliau memenangi DFB-Pokal Junior.

Pada Januari 2012, Ginter membuat debut untuk skuad senior Freiburg dan menggantikan Anton Putsila pada minit ke-70 menentang FC Augsburg. Pada minit ke-88, beliau menjairngkan gol kemenangan melalui sepakan percuma oleh Michael Lumb dengan kemenangan 1-0. Dua hari selepas perlawanan, beliau meraikan hari lahirnya ke-18 menjadikan beliau penjaring termuda kelab di Bundesliga. Dua hari kemudian iaitu pada 23 Januari, Ginter menandatangani kontrak untuk menyertai skuad pertama Freiburg.

Pada 17 Julai 2014, Ginter menandatangani kontrak lima tahun bersama Borussia Dortmund.